Más de uno ha querido solucionar este problema: un link en un archivo para descargar un XLS o PDF (o DOC) sin que se abra en el navegador. Pues aquí tengo la solución (con PHP)
Primero, los enlaces deberían como estos:
XLT
PDF
Y el archivo download.php es el siguiente:
$doc=$_GET["link"];
header('Content-Type:application/octet-stream');
header('Content-Disposition:attachment; filename="'.$doc.'"');
readfile($doc);
?>
Vía :ApuntesdeJava